Ngộ độc thực phẩm có thể được chia thành vi khuẩn, hóa học (chẳng hạn như thuốc trừ sâu, kim loại nặng) và các chất độc tự nhiên (chẳng hạn như Fugu độc, chất độc sò ốc và độc nấm) và ba loại khác.
Ngộ độc thực phẩm có thể được chia thành các vi khuẩn kháng, kháng hóa chất (ví dụ như: thuốc trừ sâu, kim loại nặng) và độc tố tự nhiên (như: cá nóc độc, động vật có vỏ độc, nấm độc hại) và ba loại khác.